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泌尿生殖系统感染：

泌尿生殖系统感染是导致精子畸形的重要因素。由于发生泌尿生殖感染疾病的时候，精液的中的营养成分会减少，使得精子发生畸形或者死亡。

内分泌紊乱：

体内某些相关激素的分泌不平衡，从而造成畸形率增高。有实验证实，一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影响到患者曲细精管内精子的天生过程，导致畸形率升高。

吸烟过度：

较新的研究发现，吸烟者可使畸形精子发生率显着增高。每日抽烟超过30支者，其畸形精子发生率更高;吸烟时间越长，畸形精子也越多。

酗酒：

酗酒也是常见的造成精子畸形的原因之一。已有研究证实，酗酒产生的酒精中毒可能损伤精子，造成精子畸形率增高，同时还可造成性欲冷漠、阳痿、早泄等性功能的异常。

其他原因：

化学制剂、辐射、环境污染等因素，都可引发精子畸形。

疾病因素：

泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等等，这些病均可影响精子的质量，形成畸形精子症。

外界因素：

外界因素如生殖腺受到放射线照射等也可引起精子的突变，形成畸形精子症。

不育。

治疗高畸形率精子症所致不育症应根据引起畸形精子的原因，消除不利因素(药物、放射线、高温、酒等)，针对病因进行治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。

部分病人有性功能障碍。